En el Mar Patagónico se alimentan 7 especies de pingüinos y 4 se reproducen en sus costas: el pingüino de Magallanes (Spheniscus magellanicus), el pingüino de penacho amarillo del sur (Eudyptes chrysocome), el pingüino rey (Aptenodytes patagonicus) y el pingüino Papúa (Pygoscelis papua).

Los pingüinos son especies expuestas a la contaminación por petróleo. Son parte de la captura incidental en redes de pesca, y los amenaza la potencial competencia por recursos con pesquerías costeras (por ejemplo, la expansión de pesquerías de anchoíta en el Mar Patagónico podría impactar negativamente en las poblaciones de pingüinos).