La salinidad superficial responde al equilibrio entre evaporación, precipitación, el aporte de corrientes y de ríos con diferentes características físico-químicas, y a los procesos de mezcla oceánica.

La mayor parte del Mar Patagónico se encuentra bajo la influencia de aguas subantárticas diluidas por descarga continental que se originan en el Pacífico sudeste e ingresan desde el Sur, a través del Estrecho de Magallanes y con la corriente de Malvinas.

En la zona norte, se destacan el ingreso de aguas salinas a través de la corriente de Brasil y la descarga de aguas continentales del Río de la Plata, lo que genera frentes salinos de importancia biológica.